L'ISPRI è associato al centro Universitario di Studi Strategici ed Internazionali (CSSI) dell'Università degli Studi di Firenze. 
Inoltre,  l'ISPRI ha stipulato protocolli d'intesa con l'Università degli Studi di Firenze, con il Dipartimento di Scienza Politica e Sociologia della stessa Università e con Promofirenze, Agenzia per l'Internazionalizzazione delle Imprese della Camera di Commercio.
L'ISPRI, infine, è associato al Centro "Gino Germani" di Studi Comparati sulla Modernizzazione e lo Sviluppo (con il quale ha organizzato nel febbraio 2001 il I° Convegno Internazionale su L'Intelligence nel XXI secolo) e collabora strettamente con le Cattedre di Relazioni Internazionali e Studi Strategici della Facoltà di Scienze Politiche "Cesare Alfieri".